Wie sein Vorgänger ist Beyond Castle Wolfenstein eine Kombination aus Action- und Abenteuerspiel. Es spielt im Zweiten Weltkrieg, während Adolf Hitlers Herrschaft als deutscher Reichskanzler. Ziel des Spiels ist es, alle Ebenen des geheimen Berliner Bunkers zu durchqueren, in dem der Führer geheime Treffen mit seinen leitenden Mitarbeitern abhält. Der Spieler muss eine Bombe holen, die die Agenten im Bunker platziert haben, und sie vor der Tür des Raums platzieren, in dem Hitler sein Treffen abhält – ein Szenario, das eine flüchtige Ähnlichkeit mit der Verschwörung vom 20. Juli aufweist.